在研究生招生方面，由中心发布联合招生简章，统一招生标准。中心开展统一考试、直接面试、择优录取的试点工作。各高校在研究生招生名额上给予倾斜支持，并扩大工程博士培养试点。
在研究生培养方面，建立导师组合作培养制度。聘请不同学科和企业专家担任兼职教授和兼职研究员等加入导师组，企业专家作为兼职导师参与工程博士、工程硕士和卓越工程师计划的人才培养。
设立协同创新中心的学位委员会，制定中心统一的培养方案和学位授予办法，并确定建议授予学位的类型，报学校学位委员会审批。实行协同创新中心内的研究生课程交叉授课，学分互认，成果共享。
在改革研究生奖助制度方面，中心内博士后、博士生和研究助理的津贴在现有基础上有所提高。